Sistem SAMSAT yang dikelola oleh tiga instansi berbeda maka untuk memudahkan dalam koordinasi dalam penyelenggaraan pelayanan dibentuk Tim Pembina SAMSAT Pusat yang berkedudukan di Jakarta dan Provinsi yang berkedudukan di Ibukota Provinsi. Dalam melaksanakan tugas dan fungsinya masing-masing ketiga instansi yang ada di SAMASAT memiliki tugas dan wewenang berbeda. Berikut adalah pembagian tugas dan wewenang instansi tersebut:
Unit Administrasi:
Petugas BAPENDA, POLRI dan Jasa Raharja
Unit Pelayanan:
Petugas BAPENDA dan POLRI
Unit Pembayaran:
Petugas BANK PAPUA
Unit Penyerahan:
Petugas POLRI
Unit Pencetakan:
Petugas BAPENDA dan POLRI
Unit Arsip:
Petugas BAPENDA dan POLRI
Unit Informasi:
Petugas BAPENDA dan POLRI